Był synem włoskiego adwokata, urodzonym w [[Val di Fiemme]] w [[Tyrol (region)|Tyrolu]]u, należącym wówczas już od kilku wieków do Austrii, wychowanym w kulturze włoskiej lecz związanym przez całe życie z koroną Habsburgów. Do szkół średnich uczęszczał w [[Trydent|Trydencie]] i [[Schwäbisch Hall]] w Badenii-Wirtembergii. Po studiach medycznych w [[Innsbruck]]u, które ukończył w [[1743]] r., prowadził praktyki lekarskie w Cavalese, Trydencie i w [[Wenecja|Wenecji]]. W [[1749]] r. poślubił Albinę de’Miorini, córkę Carlo Antonio, notabla z Cavalese. Następnie przez dwa lata przebywał w [[Styria|Styrii]] – w [[Graz]]u i [[Seckau]], jako sekretarz Leopolda Ernesta Firmiana (1708–1783), księcia biskupa [[Pasawa|Pasawy]]. Na uniwersytecie wiedeńskim uzyskał dyplom medycyny uniwersalnej, który pozwalał mu prowadzić praktykę lekarską we wszystkich ziemiach cesarstwa Habsburgów. W końcu osiadł w miasteczku [[Gmina Idrija|Idrija]] w [[Kraina|Krainie]] (dziś w [[Słowenia|Słowenii]]) jako lekarz i specjalista z zakresu chemii w przedsiębiorstwie górniczym wydobywającym tam [[rtęć]]. Spędził tam 16 lat, podczas których m.in. stracił w pożarze swego domu żonę i córkę. W [[1758]] r. zamieszkał w [[Lublana|Ljublianie]] u boku Cateriny de Franchenfeldt.
W [[1767]] r. Scopoli został zaangażowany do nowo powstałej Akademii Górniczej w [[Bańska Szczawnica|Bańskiej Szczawnicy]] jako wykładowca chemii i metalurgii. Zajmował to stanowisko do [[1776]] r., poświęcając m.in. wiele czasu obserwacjom oddziaływania różnych związków chemicznych (w tym rtęci) na organizm człowieka. Położył w ten sposób podwaliny po zupełnie nową dziedzinę jaką jest [[toksykologia]] przemysłowa.
