[[Plik:Henry&Margot.jpg|thumb|200px|Henryk Burbon i Małgorzata Valois jako władcy Nawarry]]
[[Plik:Henry4-en-Mars.jpg|thumb|200px|Henryk IV jako [[Mars (mitologia)|Mars]]]]
We wrześniu 1572 Henryk został zmuszony do przyjęcia wiary katolickiej. Razem z wojskami króla brał udział w oblężeniu La Rochelle w czasie IVwojen wojny religijnejreligijnych, zakończonejzakończonym zawarciem pokoju roszelskiego w lipcu 1573. Henryk w praktyce był zakładnikiem na dworze królewskim<ref>J. Baszkiewicz, Henryk IV Wielki, Warszawa 1995, s. 84.</ref>. Wspólnie z najmłodszym bratem króla Karola IX, Franciszkiem d’Alencon, bezskutecznie planowali ucieczkę. Zbiegł z początkiem lutego 1576, kiedy nie wrócił z polowania. Badacze uważają, że ucieczkę ułatwiła mu Katarzyna Medycejska, licząc na pogłębienie się w obozie protestanckim sporów o przywództwo<ref>J. Baszkiewicz, Henryk IV Wielki, Warszawa 1995, s. 89.</ref>. Na mocy pokoju z Beaulieu, kończącego piątą wojnę religijną, w maju 1576 Henryk został gubernatorem Gujenny. Miesiąc później ponownie przeszedł na kalwinizm. Gdy doszło pod koniec 1576 do wznowienia działań wojennych, Henryk nie angażował się w nie za bardzo. W sierpniu 1577, gdy rozpoczęto rozmowy pokojowe, do niego zwrócili się król Henryk III i jego matka Katarzyna Medycejska. Król Nawarry jako reprezentant hugenotów razem z [[Ludwik III de Montpensier|Ludwikiem diukiem de Montpensier]] jako reprezentantem katolików wynegocjowali pokój w Bergerac.
Jako gubernator Gujenny zajął się wyciąganiem prowincji z ekonomicznego kryzysu. Rozporządzeniem z Agen przewidział m.in. kary dla zbrojnych band. W tym czasie doszło do nieudanego zamachu na życie Henryka. Obwiniał o niego markiza de Villars, wicegubernatora przysłanego przez Henryka III. W Bearnie regentką w imieniu Henryka została jego młodsza siostra, Katarzyna de Bourbon.
