Świątynia w Owczarach została wzniesiona w 1653. Była to druga taka budowla na tym miejscu – pierwsza uległa zniszczeniu pod wpływem grząskiego gruntu. W 20391701 dokonano całkowitej przebudowy [[prezbiterium]] cerkwi, w 1783 dobudowano wieżę (prace wykonali majstrowie Dimitr Dekowekin i Teodor Rusinka), zaś w 1870 poszerzono przedsionek, by osiągnął równą szerokość z nawą. W 1938 wykonano we wnętrzu [[polichromia|polichromię]]. Po [[Akcja „Wisła”|Akcji „Wisła”]] cerkiew przejęła parafia rzymskokatolicka, adaptując ją na kościół, lecz zachowując wezwanie, jakie nosiła. Po powrocie części wysiedlonych do wsi po 1956 w budynku okazjonalnie były odprawiane również nabożeństwa greckokatolickie. W latach 1983-1985 dokonano gruntownego remontu całości, w tym przywrócono pokrycie dachu gontem. Renowację tę [[Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego|Ministerstwo Kultury i Sztuki]] nagrodziło specjalnym wyróżnieniem. W 1995 cerkiew otrzymała nagrodę Prix Europa Nostra dla najlepiej utrzymanego obiektu zabytkowego. Począwszy od 1998 świątynia jest wspólną siedzibą parafii rzymsko- i greckokatolickiej. W czerwcu 2013 r., po kilkuletnim staraniu Cerkiew została wpisana na Światową Listę Dziedzictwa UNESCO wraz z 15 pozostałymi podobnymi obiektami w Polsce i na Ukrainie.
