Cała konfiguracja MS-DOS znajduje się w zasadzie w 2 lub 3 plikach: [[CONFIG.SYS]], [[AUTOEXEC.BAT]] oraz w nowszych systemach – [[MSDOS.SYS]]. Plik [[CONFIG.SYS]] definiuje konfigurację systemu operacyjnego, natomiast plik [[AUTOEXEC.BAT]] pełniłpełni funkcję ówczesnegoswoistego Autostartu., Pliknatomiast plik [[MSDOS.SYS]] był w samodzielnych wersjach systemu, czyli (do wersji 6.22), [[Plik binarny|plikiem binarnym]] zawierającym kod wykonywalny, a dopiero późniejw późniejszych wersjach – tekstowym plikiem konfiguracyjnym.
== Związek z CP/M ==
Pierwsze wersje tego DOSaDOS-a były zaprojektowane do odczytu plików systemu operacyjnego [[CP/M]]<ref>http://www.embedded.com/electronics-blogs/say-what-/4442498/2/Was-DOS-copied-from-CPM-</ref>., Odwołaniaa także odwołania systemowe ("{{Ang.|system calls"}}) zostały skopiowane bezpośrednio z [[CP/M|CP/M-]]a. Istnieją równieżponadto 2dwie nagrody ("Zeidman„Zeidman Challenges")Challenges” o wysokości $100,.000$ każda za udowodnienie przy pomocy akceptowalnych metod naukowych tezy, że ten MS-DOS jest kopią CP/MaM-a, oraz za pokazanie, lub znalezienie w kodzie źródłowym funkcji pokazującej imię i nazwisko Gary'ego Kildall-aKildalla lub informację o prawach autorskich DRI (autorów CP/MaM-a)<ref>http://www.embedded.com/electronics-blogs/say-what-/4442498/4/Was-DOS-copied-from-CPM-</ref>.
