Jego pierwszą żoną była Athina Livanos, z którą miał syna [[Aleksander Onasis|Aleksandra]] i córkę Christinę. W 1959 rozpoczął się jego romans z gwiazdą opery [[Maria Callas|Marią Callas]], na który żona godziła się początkowo, ale gdy romans stał się głośny, małżonkowie rozwiedli się w 1960. Opiekę nad dziećmi mieli sprawować oboje. 22 października 1968 w Grecji Onasis poślubił [[Jacqueline Kennedy Onassis|Jacqueline Bouvier-Kennedy]], wdowę po [[John Fitzgerald Kennedy|Johnie F. Kennedym]].
Nadzieje na kontynuowanie interesów wiązał z synem, którego nagła śmierć w wypadku samolotowym (22 stycznia 1973) położyła kres tym planom. PoCo tymwięcej, zdarzeniupo córkakilku stałalatach siępożycia spadkobierczyniąz całegoJacqueline, majątkuliczne konflikty małżeńskie sprawiły, że Onassis zaczął żałować swojej decyzji i zmienił testament, pomniejszając udział żony w spadku ze 100 mln dolarów na 200 tys. Półtoradolarów rokurocznie. poCała wypadkureszta miała przypaść córce. Kolejną tragedią była śmierć Athiny Onassis, pierwszej żony Onassisa, która zmarła na skutek przedawkowania [[Barbiturany|barbituranów]]. zmarłaNiedługo Athinapotem Onasis, pierwsza żona Onassisa. Onmilioner sam zapadłpodupadł na zdrowiu (zachorował na [[miastenia|miastenię]]) i zmarł mając 69 lat. Został pochowany w Grecji, obok syna Aleksandra. Jego spadek oszacowano na miliard dolarów. W wyniku procesu sądowego Jacqueline z córką Christiną, Jacqueline przyznano w spadku po mężu ponad 20 mln dolarów<ref>{{Cytuj stronę | url = http://przegladdziennikarski.pl/jackie-kennedy-i-jej-malzenstwo-z-wyrachowania/ | tytuł = Jackie Kennedy i jej małżeństwo z wyrachowania | data = 2017-04-25 | nazwisko = Pastusiak | imię = Longin | autor link = Longin Pastusiak| opublikowany = Przegląd Dziennikarski |data dostępu = 2017-06-15}}</ref>.
Jego spadek oszacowano na miliard dolarów. 250 tysięcy dolarów przepisał Jacqueline. Christina podważyła testament i Jacqueline otrzymała jeszcze 26 milionów dolarów.
