'''Retrotranspozon''' -– typ [[transpozon]]u (transpozon [[RNA]]), stanowiący znaczną część [[genom]]ów [[organizm]]ów eukariotycznych. Wszystkie retrotranspozony występują w postaci cząsteczki [[kwas rybonukleinowy|RNA]]. Retrotranspozony zawierają geny kodujące enzymy niezbędne do przemieszczania się w procesie [[transpozycja (genetyka)|transpozycji]] - po wniknięciu do [[komórki]] gospodarza (lub po [[transkrypcja (genetyka)|transkrypcji]] retrotranspozonu zintegrowanego z genomem gospodarza) następuje synteza pierwszej nici [[Kwas deoksyrybonukleinowy|DNA]] przez [[enzym]] zwany [[odwrotna transkryptaza|odwrotną transkryptazą]]<ref name=McCarthy>{{cytuj pismo |nazwisko = McCarthy |imię = Eugene M. | nazwisko2 = McDonald | imię2 = John F. |tytuł = Long terminal repeat retrotransposons of ''Mus musculus'' |czasopismo = Genome Biology |wolumin = 5 |wydanie = 3 |strony = R14 | rok = 2004 | pmid = 15003117}}</ref>. W ten sposób powstaje pozachromosomowa, dwuniciowa cząsteczka zbudowana z jednej nici RNA i jednej nici DNA. Następnie matrycowa nić RNA jest wytrawiana (przez enzym RNA-zę), a na jej miejsce syntetyzowana jest druga (komplementarna do pierwszej) nić DNA. Taki dwuniciowy DNA zostaje za pomocą enzymu [[integraza|integrazy]] wstawiony do genomu gospodarza<ref name=Thomas>{{cytuj pismo| nazwisko = Eickbush | imię = Thomas H. | nazwisko2 = Jamburuthugoda | imie2 = Varuni K | tytuł = The diversity of retrotransposons and the properties of their reverse transcriptases | czasopismo = Virus Research | wolumin = 134 | wydanie = 1-2 | strony = 221-234 |rok = 2008 | doi = doi:10.1016/j.virusres.2007.12.010 | pmid = 18261821}}</ref>.
Istnieją dwa typy retrotranspozonów<ref name="McCarthy" />:
* zawierające na obu końcach długie powtórzone sekwencje nukleotydów - LTR (z [[język angielski|ang.]] ''Long Terminal Repeats'');
* nieposiadające sekwencji LTR - non-LTR.
Przykładem retrotranspozonów zawierających sekwencje LTR należą: [[retrowirusy]] (u zwierząt)<ref name=Thomas/>, Ty1-''copia'' oraz Ty3-''gypsy''<ref name=Kumar>{{cytuj pismo| nazwisko = Kumar | imię = Amar | nazwisko2 = Bennetzen | imię2 = Jeffrey L. | tytuł = Plant retrotransposons | czasopismo = Annual Review of Genetics | wolumin = 33 | strony = 479-532 | rok = 1999 | doi = doi:10.1146/annurev.genet.33.1.479 | pmid = 10690416}}</ref>. Do retrotranspozonów niezawierających sekwencji LTR zalicza się elementy LINE oraz SINE<ref name=McCarthy/>.
