|
W 1984 wstąpił do [[Zjednoczone Stronnictwo Ludowe|Zjednoczonego Stronnictwa Ludowego]]. Od 1993 do 1995 pełnił mandat posła na Sejm II kadencji z listy Polskiego Stronnictwa Ludowego. Od 1994 do 1995 sprawował urząd podsekretarza stanu w [[Urząd Rady Ministrów|Urzędzie Rady Ministrów]]. W 1995 został wybrany głosami [[Sojusz Lewicy Demokratycznej|SLD]] i PSL na funkcję prezesa Najwyższej Izby Kontroli, którą sprawował do 2001. W latach 1991–1993 pełnił funkcję sędziego [[Trybunał Stanu|Trybunału Stanu]]<ref>{{Cytuj stronę | url = http://trybunalstanu.pl/SitePages/Poprzednie%20kadencje.aspx | tytuł = Poprzednie kadencje Trybunału Stanu| opublikowany = trybunalstanu.pl | data dostępu = 2015-11-26}}</ref>.
W 2001 ponownie został posłem IV kadencji z [[Okręg wyborczy nr 10 do Sejmu Rzeczypospolitej Polskiej|okręgu piotrkowskiego]], wybrano go na [[wicemarszałek Sejmu|wicemarszałka Sejmu]]<ref>{{Cytuj stronę|url=http://wiadomosci.wp.pl/kat,1342,title,Wybranowybrano-wicemarszalkow,wid,209512,wiadomosc.html-6109069106709633a|tytuł=Wybrano wicemarszałków|opublikowany=wp.pl|data=19 października 2001|data dostępu=2013-06-30}}</ref>. 13 czerwca 2004 wybrano go do [[Parlament Europejski|Parlamentu Europejskiego]] z [[województwo łódzkie|województwa łódzkiego]].
Sprawował funkcję prezesa PSL od 16 marca 2004<ref>{{Cytuj stronę|url=http://wiadomosci.wp.pl/kat,1342,title,Wojciechowskiwojciechowski-prezesem-PSL,wid,5050081,wiadomosc.htmlpsl-6031671195591297a|tytuł=Wojciechowski prezesem PSL|opublikowany=wp.pl|data=16 marca 2004|data dostępu=2013-06-30}}</ref> do 29 stycznia 2005<ref>{{Cytuj stronę|url=http://wiadomosci.wp.pl/kat,1342,title,Zatrzeslozatrzeslo-PSLpsl-em,wid,6589372,wiadomosc.html-6108721699332737a|tytuł=Zatrzęsło PSL-em|opublikowany=wp.pl|data=29 stycznia 2005|data dostępu=2013-06-30}}</ref>. Podał się do dymisji po tym, jak partia opowiedziała się przeciwko utworzeniu wraz z [[Zjednoczenie Chrześcijańsko-Narodowe|ZChN]] i [[Partia Centrum (Polska)|Centrum]] komitetu wyborczego „Zgoda”. Pełnił następnie funkcję prezesa zarządu wojewódzkiego PSL w Łodzi. W lutym 2006 za złamanie statutu (przejście do frakcji UEN bez zgody władz partii) został wykluczony z PSL<ref>{{Cytuj stronę|url=http://wiadomosci.wp.pl/kat,1342,title,Europoslowieeuroposlowie-wyrzuceni-z-PSLpsl-za-ujawnienie-korupcji,wid,8177032,wiadomosc.html-6032010930311809a|tytuł=Europosłowie wyrzuceni z PSL za ujawnienie korupcji?|opublikowany=wp.pl|data=4 lutego 2006|data dostępu=2013-06-30}}</ref>, przystąpił do nowego ugrupowania pod nazwą [[Stronnictwo „Piast”|Polskie Stronnictwo Ludowe „Piast”]]<ref>{{Cytuj stronę|url=http://wiadomosci.wp.pl/kat,1342,title,Wojciechowskiwojciechowski-i-Podkanskipodkanski-przedstawili-Proklamacjeproklamacje-powolania-PSLpsl-Piast,wid,8300573,wiadomosc.htmlpiast-6036891814933633a|tytuł=Wojciechowski i Podkański przedstawili Proklamację powołania PSL Piast|opublikowany=wp.pl|data=8 maja 2006|data dostępu=2013-06-30}}</ref>. W [[Wybory do Parlamentu Europejskiego w Polsce w 2009 roku|wyborach do Parlamentu Europejskiego w 2009]] uzyskał liczbą 56 292 głosów reelekcję, kandydując jako przedstawiciel Stronnictwa „Piast” z listy [[Prawo i Sprawiedliwość|Prawa i Sprawiedliwości]]<ref>{{Cytuj stronę|url=http://pe2009.pkw.gov.pl/PUE/PL/WYN/M/index_pos.htm|tytuł=Serwis PKW – Wybory 2009|data dostępu=2013-06-30}}</ref>. Do 2009 stał na czele rady politycznej Stronnictwa „Piast”. W listopadzie 2010 przystąpił do Prawa i Sprawiedliwości<ref>{{Cytuj stronę|url=http://old.pis.org.pl/article.php?id=18013|tytuł=Janusz Wojciechowski, Zbigniew Kuźmiuk i Bogdan Pęk wstąpili do PiS|opublikowany=pis.org.pl|data=15 listopada 2010|data dostępu=2013-06-30}}</ref>. W poprzednim miesiącu w łódzkim biurze poselskim tej partii został [[Atak na biuro poselskie PiS w Łodzi|zabity]] jego asystent [[Marek Rosiak (polityk)|Marek Rosiak]]<ref>{{Cytuj stronę | url = http://www4.rp.pl/artykul/551854-Marek-Rosiak-zabity-w-siedzibie-PiS.html | tytuł = Marek Rosiak zabity w siedzibie PiS | autor = Jarosław Stróżyk, Katarzyna Borkowski | data = 20 października 2010| opublikowany = rp.pl | data dostępu = 2015-10-22}}</ref>. W [[Wybory do Parlamentu Europejskiego w Polsce w 2014 roku|wyborach do Parlamentu Europejskiego w 2014]] z listy PiS po raz kolejny uzyskał mandat eurodeputowanego<ref>{{Cytuj stronę | url = http://pe2014.pkw.gov.pl/pl/ | tytuł = Serwis PKW – Wybory 2014 | data dostępu = 2014-05-27}}</ref>.
W grudniu 2015 został zgłoszony przez [[rząd Beaty Szydło]] jako przedstawiciel Polski w Europejskim Trybunale Obrachunkowym zamiast zgłoszonego przez [[Rząd Ewy Kopacz|poprzedni rząd]] [[Maciej Berek|Macieja Berka]]<ref>{{Cytuj pismo | nazwisko = Siedlecka | imię = Ewa | tytuł = Teraz rządzi tylko PiS | czasopismo = Gazeta Wyborcza | strony = 15 | data = 11 grudnia 2015}}</ref>. W kwietniu 2016 Parlament Europejski w tajnym głosowaniu negatywnie zaopiniował jego kandydaturę<ref>{{Cytuj stronę | url = http://www.tvn24.pl/janusz-wojciechowski-nie-bedzie-w-eto,635299,s.html | tytuł = Europoseł PiS usłyszał „nie” w Parlamencie Europejskim | opublikowany = tvn24.pl | data = 13 kwietnia 2016 | data dostępu = 13 kwietnia 2016}}</ref>. Pomimo negatywnej opinii PE w tym samym miesiącu otrzymał nominację na to stanowisko decyzją [[Rada Unii Europejskiej|Rady Unii Europejskiej]] (z kadencją od maja 2016)<ref>{{Cytuj stronę|url=http://www.tvn24.pl/wiadomosci-ze-swiata,2/janusz-wojciechowski-zostanie-czlonkiem-eto,637586.html|tytuł=Janusz Wojciechowski zasiądzie w Europejskim Trybunale Obrachunkowym|opublikowany=tvn24.pl|data=21 kwietnia 2016|data dostępu=2016-04-21}}</ref>.
|
