Wdżar jest szczególnie interesujący z geologicznego punktu widzenia. Jest bowiem jednym z kilku miejsc w okolicy (oprócz np. gór [[Jarmuta|Jarmuty]] i [[Bryjarka|Bryjarki]]), gdzie można spotkać magmową [[Skały wylewne|skałę wulkaniczną]] – [[andezytAndezyt pieniński]]. Ze względu na wyjątkową budowę geologiczną Wdżar jest przedmiotem szczegółowych badań naukowych od ponad 100 lat. Pierwotnie obszar ten zbudowany był z osadów [[Flisz karpacki|fliszowych]] ([[Piaskowiec|piaskowce]] i [[Łupek osadowy|łupki]] tzw. formacji szczawnickiej, należące do utworów [[Płaszczowina magurska|płaszczowiny magurskiej]]). W [[miocen]]ie w osady te dwukrotnie wdzierała się [[magma]] – powstało ponad 100 drobnych [[Intruzja|intruzji]] andezytów starszych i 3 intruzje andezytów młodszych<ref name=Birkenmajer1>{{Cytuj pismo|imię=Krzysztof |nazwisko=Birkenmajer |autor link= Krzysztof Birkenmajer |tytuł=Forma geologiczna andezytów Wżaru |czasopismo=Acta Geol. Pol. |wydanie=12|wolumin=2|strony=201-213|rok=1962}}</ref><ref name=Birkenmajer2>{{Cytuj pismo|imię=Krzysztof |nazwisko=Birkenmajer |autor link= Krzysztof Birkenmajer |tytuł=Mioceńskie intruzje andezytowe rejonu Pienin: ich formy geologiczne i rozmieszczenie w świetle badań geologicznych i magnetycznych |czasopismo=Kwartalnik AGH Geologia |wydanie=22|wolumin=1|strony=15-25|rok=1996}}</ref><ref name=Malkowski>{{Cytuj pismo|imię=Stanisław |nazwisko=Małkowski|autor link= Stanisław Małkowski (geolog)|tytuł=Przejawy wulkanizmu w dziejach geologicznych okolic Pienin |czasopismo=Prace Muzeum Ziemi |wydanie=1|strony=11-55|rok=1958}}</ref>.
Nietypowy ani dla Pienin, ani dla Gorców andezyt opisano tutaj już w połowie XIX w., zaś w 1921 r. [[Stanisław Małkowski (geolog)|Stanisław Małkowski]] tak o nim pisał: „''... gołym okiem widać dobrze zachowane prakryształy skaleni oraz wydłużone, połyskujące, czarne [[amfibole]] i [[augit]]y, pogrążone w szarym, drobnoziarnistym cieście skalnym''”<ref name=Nyka />.
