Zajmuje się również malarstwem{{r|Malarstwo ks. biskupa Jana Szkodonia, autora audiobook'u „Z serca do serca”}}.
W 2019 prokuratur w Krakowie rozpoznający zawiadomienie kobiety,któraoskarżającej wbiskupa latach 1998–2003 jakoo [[małoletninapastowanie seksualne|molestowanie seksualne]]a, miałamające byćmiejsce przezw hierarchęlatach [[napastowanie1998–2003 seksualne|molestowanakiedy seksualniebyła [[małoletni]]a, umorzył postępowanie z powodu przedawnienia karalności czynu{{r|Dlaczego prokuratura nie przesłuchała biskupa Szkodonia?}}. W 2020 sprawę domniemanego napastowania ujawniono w mediach{{r|Zły dotyk biskupa z Krakowa}}. W wydanym oświadczeniu biskup zaprzeczył stawianym zarzutom, zapowiadając, że do czasu wyjaśnienia sprawy nie będzie podejmował posługi duszpasterskiej{{r|Oświadczenie bp. Jana Szkodonia}}. W związku z upublicznionymi oskarżeniami opuścił archidiecezję krakowską{{r|Bp Jan Szkodoń w związku z oskarżeniami Gazety Wyborczej opuścił archidiecezję krakowską}}. Po przeprowadzeniu wstępnego dochodzenia kanonicznego [[Kongregacja Nauki Wiary]] zadecydowała o wszczęciu kanonicznego procesu karno-administracyjnego przeciwko niemu. Zakazano mu pracy duszpasterskiej z osobami małoletnimi i publicznego sprawowania posługi biskupiej{{r|Rozpoczął się kościelny proces karny przeciwko bp. Janowi Szkodoniowi}}.
