Duchowny wielokrotnie używał stwierdzeń uznawanych przez część środowisk za [[homofobia|homofobiczne]], postulował niemoralność [[in vitro|zapłodnienia ''in vitro'']] oraz sprzeciwiał się idei„[[Aborcja_w_Polsce#Czarny_protest_kobiet|czarnemu tzw. „czarnych protestów”protestowi]]”{{r|„Związki homoseksualne są szyderstwem z Boga”. Abp Jędraszewski wzywa do walki o godność|Abp Jędraszewski: Związki homoseksualne to szyderstwo z Boga i człowieka|Jak arcybiskup Marek Jędraszewski zmienił otwarty krakowski Kościół w przedsoborowy bunkier|Abp Marek Jędraszewski – poznaniak, który przez Łódź trafił do Krakowa}}. W 2019 w homilii na mszy z okazji 75. rocznicy wybuchu [[powstanie warszawskie|powstania warszawskiego]], parafrazując wiersz [[Józef Szczepański|Józefa Szczepańskiego]], użył sformułowania „tęczowa zaraza” wobec tego, co określił mianem „ideologii [[LGBT]]”{{r|Msza św. w 75. rocznicę Powstania Warszawskiego I Bazylika Mariacka w Krakowie, 1 sierpnia 2019|Rozmowa o. Dariusza Drążka z Abp. Markiem Jędraszewskim}}. Słowa te spotkały się z krytyką{{r|Kraków. Protest przed kurią przeciwko słowom abpa Jędraszewskiego|Słowa o „tęczowej zarazie” przekreślają istotę mszy|Dymisja arcybiskupa Jędraszewskiego? „Czas rozpocząć pokutę. Czas odejść”. Protest w Warszawie|Arcybiskup mówił o „tęczowej zarazie”. Powstańcy oburzeni}}, ale także wyrazami poparcia{{r|Poparcie Światowego Związku Żołnierzy Armii Krajowej dla abpa Marka Jędraszewskiego|Demonstracja w obronie abp. Marka Jędraszewskiego. Mówił o „tęczowej zarazie”}}.
W 2017 w pracy naukowej opublikowanej w „[[Łódzkie Studia Teologiczne|Łódzkich Studiach Teologicznych]]” przywołał kronikę Kpinomira, podczas gdy nie było ani takiej postaci, ani takiej kroniki (były żartem amerykańskiego historyka Philipa Earla Steele’a), uzasadniając tezę o jedności narodu, państwa i Kościoła. Ponadto jako źródło rewelacji o Kpinomirze podał w bibliografii książkę Steele’a „Nawrócenie i chrzest Mieszka I”, choć Steele w tej książce o Kpinomirze nie wspomina, a swój żart zamieścił w dzienniku [[Rzeczpospolita (gazeta)|„Rzeczpospolita”]]{{r|Ile są warte profesorskie tytuły dostojników Kościoła}}.
