W latach 186060. XIX wieku do Tokio przybyli pierwsi [[misjonarz]]e katoliccy z [[Francja|Francji]], ale oficjalną działanośćdziałalność misyjną mogli prowadzić dopiero od maja 1873, kiedy władze japońskie zalegalizowały chrześcijaństwo. Dzięki ofiarności wiernych, misjonarze zakupili parcelę w pobliżu miejsca egzekucji beatyfikowanych męczenników w dzielnicy Asakusa. Wznieśli tam szkołę języków obcych Maikai GakkouGakkō wraz z kaplicą pw. [[Paweł z Tarsu|św. Pawła]]. Rosnąca liczba konwertytów spowodowała konieczność budowy nowego kościoła w pobliżu, który konsekrowano 25 grudnia 1877. Ten kościół spłonął i został odbudowany w 1899. [[Trzęsienie ziemi w Kantō (1923)]] spowodowało zawalenie tego kościoła, który jednak został szybko odbudowany w 1925. Z powodu złego stanu technicznego konieczna była budowa nowego, obecnego budynku kościoła, który konsekrowano w grudniu 1987. Wewnątrz znajduje się [[witraż]] z 1929 przedstawiający narodzenie, śmierć i [[zmartwychwstanie]] [[Chrystus]]a<ref name=U />.
