W trakcie studiów stał na czele komitetu uczelnianego [[Komsomoł]]u, a w latach [[1988]]-[[1990]] był sekretarzem i I sekretarzem Komitetu Miejskiego Komsomołu w Cchinwali. W latach [[1990]]-[[1993]] zasiadał w parlamencie Republiki Osetii Południowej. Po ogłoszeniu niepodległości przez Osetię Południową w [[1991]] brał udział w [[wojna w Osetii Południowej 1991-1992|walkach]] przeciwko wojskom gruzińskim.
Po zakończeniu działań wojennych zajął się biznesem. W latach [[1993]]-[[1995]] kierował fundacją sportową "Junost'" z siedzibą w [[Moskwa|Moskwie]], a od [[1996]] był wicedyrektorem w spółce "Frang", specjalizującej się w handlu między Rosją a Osetią. Od [[1997]] do [[2000]] pełnił funkcję przedstawiciela handlowego Republiki Osetii Południowej w Moskwie. W latach [[1999]]-[[2001]] był doradcą deputowanego [[Duma Państwowa|Dumy]] z [[Osetia Północna-Alania|Osetii Północnej]] Anatolija Czechojewa. W latach [[2000]]-[[2001]] był dyrektorem generalnym w spółce "Frang", a następnie kierował ruchem społecznym "Za Osetię".
[[18 grudnia]] [[2001]] wygrał wybory prezydenckie w Osetii Południowej, zdobywając 53% głosów w II utrzeturze. Kokojty jest przeciwnikiem reunifikacji Osetii Południowej z Gruzją, domagając się pełnego uniezależnienia kraju od Gruzji i integracji z [[Federacja RosyjskaRosją|Federacja Rosyjską]]. Wielokrotnie oskarżał władze gruzińskie o próby przejęcia kontroli nad Osetią Południową. [[14 czerwca]] [[2006]] podpisał deklarację współpracy z prezydentami dwóch innych nieuznawanych separatystycznych republik: [[Abchazja|Abchazji]] - [[Siergiej Bagapsz|Siergiejem Bagapszem]] i [[Naddniestrze|Naddniestrza]] - [[Igor Smirnow|Igorem Smirnowem]]. W kolejnych miesiącach Kokojty oferował władzom Abchazji pomoc militarną w razie interwencji gruzińskiej. [[12 listopada]] [[2006]] został ponownie wybrany na prezydenta, zdobywając 96% głosów.
Dowodził oddziałami południowoosetyjskimi po wybuchu [[Wojna w Osetii Południowej 2008|II wojny w Osetii Południowej]] w sierpniu [[2008]].
