'''Filogenomika'''<ref>{{Cytuj pismo | nazwisko = Mackiewicz | imię = Paweł |nazwisko2 = Zakrzewska-Czerwińska | imię2 = Jolanta|nazwisko3 = Cebrat | imię3 = Stanisław | tytuł = Genomika – dziedzina wiedzy XXI wieku | czasopismo = Biotechnologia | wolumin = 3| numerwydanie = 70| strony = 7-21 | miesiąc = | rok = 2005 | doi = | pmid = |url = http://www.pfb.p.lodz.pl/dl/2005_03_03.pdf}}</ref> – dziedzina [[nauka|nauki]] będąca połączeniem wiedzy z [[ewolucja|ewolucji]] i [[genomika|genomiki]]<ref>{{cytuj stronę|pismo url = http://www.biomedcentral.com/1471-2148/7/S1/S1|tytuł = Overview of the First Phylogenomics Conference| data dostępu = | autor = | nazwisko = Philippe| imię = Hervé| autor link = | autor2 = | nazwisko2 = Blanchette| imię2 = Mathieu| autor link2 = | data = | rok = 2007| miesiąc = 02|dzień = 08| format = | praca = | opublikowanyczasopismo = ''BMC Evolutionary Biology''| oznaczenie |wolumin= '''7'''(|wydanie=Suppl 1):S1 |strony=S1| język = en| id = | cytat= |doi=10.1186/1471-2148-7-S1-S1}}</ref>. Termin ten był używany w wielu znaczeniach do określenia niektórych typów analiz z udziałem danych [[genom]]u i rekonstrukcji ewolucyjnych, zwłaszcza [[filogeneza|filogenezy]]. Przykłady różnych znaczeń filogenomiki:
* Przewidywanie funkcji [[gen]]u w oparciu o historię jego ewolucji w [[drzewo filogenetyczne|drzewie filogenetycznym]]. Było to pierwotne znaczenie tego terminu, użytego przez biologa ewolucyjnego Jonathana Eisena. W celu przeglądu tego aspektu filogenomiki, patrz: Sjölander K. (2004)<ref>{{Cytuj pismo | nazwisko = Sjölander | imię = K. | tytuł = Phylogenomic inference of protein molecular function: advances and challenges. | czasopismo = Bioinformatics | wolumin = 20 | numerwydanie = 2 | strony = 170-9 | miesiąc = Jan | rok = 2004 | doi = | pmid = 14734307 |język=en}}</ref> ioraz Brown D.,i Sjölander K. (2006)<ref>{{Cytuj pismo | nazwisko = Brown | imię = D. | nazwisko2 = Sjölander | imię2 = K. | tytuł = Functional classification using phylogenomic inference. | czasopismo = PLoS ComputComputational BiolBiology | wolumin = 2 | numerwydanie = 6 | strony = e77 | miesiąc = Jun | rok = 2006 | doi = 10.1371/journal.pcbi.0020077 | pmid = 16846248 |język=en}}</ref>.
* Rekonstrukcja drzewa [[gatunek (biologia)|gatunku]] przez połączenie informacji z wielu genów lub całego genomu<ref>{{Cytuj pismo | nazwisko = Delsuc | imię = F. | nazwisko2 = Brinkmann | imię2 = H. | nazwisko3 = Philippe | imię3 = H. | tytuł = Phylogenomics and the reconstruction of the tree of life. | czasopismo = NatNature RevReview GenetGenetics | wolumin = 6 | numerwydanie = 5 | strony = 361-75 | miesiąc = May | rok = 2005 | doi = 10.1038/nrg1603 | pmid = 15861208 |język=en}}</ref><ref>{{Cytuj pismo | nazwisko = Philippe | imię = H. | nazwisko2 = Snell | imię2 = EA. | nazwisko3 = Bapteste | imię3 = E. | nazwisko4 = Lopez | imię4 = P. | nazwisko5 = Holland | imię5 = PW. | nazwisko6 = Casane | imię6 = D. | tytuł = Phylogenomics of eukaryotes: impact of missing data on large alignments. | czasopismo = MolMolecular BiolBiology Evoland Evolution | wolumin = 21 | numerwydanie = 9 | strony = 1740-52 | miesiąc = Sep | rok = 2004 | doi = 10.1093/molbev/msh182 | pmid = 15175415 |język=en}}</ref><ref>{{Cytuj pismo | nazwisko = Jeffroy | imię = O. | nazwisko2 = Brinkmann | imię2 = H. | nazwisko3 = Delsuc | imię3 = F. | nazwisko4 = Philippe | imię4 = H. | tytuł = Phylogenomics: the beginning of incongruence? | czasopismo = Trends Genetin Genetics | wolumin = 22 | numerwydanie = 4 | strony = 225-31 | miesiąc = Apr | rok = 2006 | doi = 10.1016/j.tig.2006.02.003 | pmid = 16490279 |język=en}}</ref>
* Integracja analiz genomu i rekonstrukcji ewolucyjnej<ref>{{Cytuj pismo | nazwisko = Eisen | imię = JA. | nazwisko2 = Fraser | imię2 = CM. | tytuł = Phylogenomics: intersection of evolution and genomics. | czasopismo = Science | wolumin = 300 | numerwydanie = 5626 | strony = 1706-7 | miesiąc = Jun | rok = 2003 | doi = 10.1126/science.1086292 | pmid = 12805538 |język=en}}</ref><ref>{{Cytuj pismo | nazwisko = Eisen | imię = JA. | nazwisko2 = Hanawalt | imię2 = PC. | tytuł = A phylogenomic study of DNA repair genes, proteins, and processes. | czasopismo = MutatMutation Research/DNA ResRepair | wolumin = 435 | numerwydanie = 3 | strony = 171-213 | miesiąc = Dec | rok = 1999 | doi = 10.1016/S0921-8777(99)00050-6 | pmid = 10606811}}</ref>
* Użycie drzewa filogenetycznego do przewidywania [[poziomy transfer genów|poziomego transferu genów]] w skali genomu<ref>{{Cytuj pismo | nazwisko = Whitaker | imię = JW. | nazwisko2 = McConkey | imię2 = GA. | nazwisko3 = Westhead | imię3 = DR. | tytuł = The transferome of metabolic genes explored: analysis of the horizontal transfer of enzyme encoding genes in unicellular eukaryotes. | czasopismo = Genome BiolBiology | wolumin = 10 | numerwydanie = 4 | strony = R36 | miesiąc = | rok = 2009 | doi = 10.1186/gb-2009-10-4-r36 | pmid = 19368726 |język=en}}</ref>
