8 stycznia 1951 został aresztowany pod zarzutami [[szpiegostwo|szpiegostwa]] na rzecz Stanów Zjednoczonych oraz [[Stolica Apostolska|Stolicy Apostolskiej]], faszyzacji życia społecznego, [[cinkciarz|nielegalnego handlu walutami]] oraz [[Kolaboracja|kolaboracji]]. Był torturowany w areszcie śledczym [[Ministerstwo Bezpieczeństwa Publicznego|MBP]]. We wrześniu 1953 w trakcie [[proces biskupa Kaczmarka|pokazowego procesu]] przyznał się do zarzucanych mu czynów. Osądzony i skazany na 12 lat więzienia „za kolaborację z Niemcami, usiłowanie obalenia ustroju PRL i propagandę na rzecz waszyngtońsko-watykańskich mocodawców”. Obrońcą z urzędu był [[Mieczysław Maślanko]], którego działalność w trakcie procedury przeprowadzonej w 1956 w celu zbadania możliwość rehabilitacji została opisana przez prokuratora Naczelnej Prokuratury Wojskowej: „Odnośnie do obrońców w sprawie tej słusznie biskup Kaczmarek powiedział, że oskarżeni bali się bardziej swoich obrońców aniżeli prokuratora i że obrońcy współpracowali z organami Bezpieczeństwa Publicznego”. [[Tadeusz Mazowiecki]] krytykując postawę biskupa Kaczmarka pisał: {{Szablon:Cytat box|cytat = ''Wychowanie nacechowane podejrzliwością i wrogością wobec postępu społecznego, atmosferą środowiska społecznego rozniecającą lub choćby tylko podtrzymującą bezwzględną wrogość wobec osiągnięć społecznych Polski Ludowej, wpływy polityczne przychodzące z zewnątrz i wyrosła na tym wszystkim błędna postawa polityczna ks. bp. Kaczmarka, która doprowadziła go do kolizji z prawem - oto sumarycznie ujęte przyczyny działalności przestępczej oskarżonych. Doprowadziły one do czynów skierowanych przeciwko interesom własnego narodu. Doprowadziły ks. bp. Kaczmarka do działalności wrogiej wobec interesu narodowego i postępu społecznego w okresie przedwojennym, okupacyjnym i w Polsce Ludowej. Doprowadziły w szczególności nie tylko do postawy przeciwnej nowej rzeczywistości naszego kraju, nie tylko do podrywania zaufania w trwałość władzy ludowej i nowych stosunków społecznych w Polsce, ale i do uwikłania się we współpracę z ośrodkami wywiadu amerykańskiego, które pragnęłyby posługiwać się przedstawicielami duchowieństwa, jako narzędziem realizacji swych wrogich Polsce planów''|źródło = [[Tadeusz Mazowiecki]], Tygodnik Katolicki nr 5 z dnia 27. 09. 1953 r.}}
