Od 1864 roku był profesorem gramatyki porównawczej w [[Szkoła Główna Warszawska|Warszawskiej Szkole Głównej]], W latach 1867 – 1885 byłpełnił dyrektoremfunkcję dyrektora [[Instytut Głuchoniemych w Warszawie|Instytutu Głuchoniemych]] w [[Warszawa|Warszawie]], w którym wprowadził zmiany przyczyniające się do rozwoju tej instytucji.<ref>[http://guidesign.pl/?p=457 Spotkanie z Historią Głuchych – Powązki – 2011. Strona projektu Guide Design.]</ref> W 1865 roku za jego sprawą zrealizowano projekt założenia fermy, na której osoby głuche pochodzące ze wsi mogłyby szkolić się w pracy gospodarskiej. W 1883 roku był również inicjatorem oraz założycielem Warszawskiego Towarzystwa Głuchoniemych późniejsza nazwa Chrześcijańskie Towarzystwo Głuchoniemych „Opatrzność”. W 1861 roku Papłoński był wizytatorem szkolnym. W ramach swoich obowiązków na polecenie ówczesnego dyrektora Komisji Rządowej Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego margrabiego [[Aleksander Wielopolski|Aleksandra Wielopolskiego]] przybył do [[Kalisz]]a gdzie jego zadaniem było zażegnanie sporu pomiędzy uczniami, a rosyjskimi pedagogami.<ref>K. Poznański, Reforma szkolna w Królestwie Polskim 1862 rok, Kraków 1968, s. 65-66.</ref>
Jan Papłoński zmarł w 1885 roku w wieku 66 lat na [[zawał serca]]. Został pochowany na [[Cmentarz Powązkowski w Warszawie|cmentarzu powązkowskim]].
