Gen CD45 jest wyjątkowo skomplikowany, składa się bowiem aż z 34 [[ekson|egzonów]]. Trzy z nich - w wyniku [[splicing alternatywny|alternatywnego splicingu]] - mogą być usuwane z pierwotnego transkryptu, a w wyniku tego procesu powstaje 8 różnych [[mRNA]]. Trzy egzony podlegające splicingowi noszą nazwy: RA, RB i RC. Gen ''PTPRC'' ulega ekspresji we wszystkich komórkach hemopoetycznych z wyjątkiem [[erytrocyt]]ów i ]][[plazmocyt|komórek plazmatycznych]], natomiast izoformy mogą się różnić w zależności od populacji komórek, stanu aktywacji itp. Nazwa danej izoformy zawiera nazwy egzonów, które występują w danym transkrypcie, np. CD45RBC oznacza izoformę zawierającą egzony RB i RC, a CD45RA to izoforma zawierająca jedynie egzon RA. Izoforma CD45RABC oznacza jest w skrócie jako CD45R, zaś izoforma nie posiadająca żadnego z egzonów to CD45RO. Dane n temat ekspresji. Podstawowe dane na temat każdej z izoform zestawione są w tabeli:
Najdłuższą izoformą CD45 jest '''CD45R''' (lub CD45RABC), która zawiera komplet wszystkich 34 egzonów i występuje przede wszystkim na [[Limfocyty T|limfocytach T]]. Białko to jest bogato [[glikozylacja|glikozylowane]], a jego [[masa cząsteczkowa]] wynosi 200 [[jednostka masy atomowej|kDa]]. Na [[limfocyt B|limfocytach B]], niektórych limfocytach T oraz niektórych [[komórka dendrytyczna|komórkach dendrytycznych]] występuje jeszcze silniej glikozylowana forma CD45R o masie 220 kDa. Ze względu na fakt, że izoforma ta została po raz pierwszy zidentyfikowana na limfocytach B, jest ona określana nazwą '''B220'''.
{| class="wikitable"
Najkrótszą izoformą CD45 jest '''CD45RO''', która jest kodowana przez mRNA bez egzonów RA, RB i RC. Występuję ona na limfocytach T pamięci, niektórych limfocytach B, [[granulocyt]]ach, [[monocyt]]ach, [[makrofag]]ach i komórkach dendrytycznych. Masa cząsteczkowa CD45RO wynosi 180 kDa. Z kolei na naiwnych limfocytach T występuje izoforma '''CD45RA''' (zawierająca egzon RA, ale nie RB i RC). Dzięki temu na podstawie ekspresji CD45RA i CD45RO można dokonać podstawowego rozróżnienia limfocytów T naiwnych i limfocytów T pamięci, co znajduje szerokie zastosowanie w badaniach immunologicznych.
