Mając 12 lat Fernández trafił do juniorów zespołu [[Club Social y Deportivo Colo-Colo|Colo-Colo]] ze stolicy kraju [[Santiago de (Chile)|Santiago]]. Do pierwszej drużyny trafił w [[2004]] roku w wieku 18 lat i 1 sierpnia tamtego roku zadebiutował w [[Chilijska Primera división chilenaDivisión|Primera División]], w wygranych 1:0 derbach z wielkim rywalem Colo-Colo, [[Universidad de Chile Santiago]]. Tydzień później w meczu z [[Cobresal El Salvador|Cobresal]] zdobył 2 gole. W tym samym sezonie Matías zdobył spektakularnego gola w meczu z [[O'HigginsO’Higgins Rancagua]], gdy wymanewrował rywali biegnąc z piłką niemal od własnego pola karnego. Gol ten spowodował, iż stał się ulubieńcem fanów Colo-Colo. W całym turnieju Clausura zdobył 8 goli i został uznany Najlepszym Młodym Piłkarzem Sezonu w Chile. W sezonie 2005 doszedł z Colo-Colo do ćwierćfinału, a jego klub odpadł po meczu z [[Club de Deportes La Serena]]. Dużo lepiej poszło Colo-Colo z Fernándezem w składzie w kolejnym sezonie. Zespół po raz 24 w historii wygrał fazę Apertura, a następnie dotarł do finału [[Copa Sudamericana]], w którym przegrał po dwumeczu z meksykańskim klubem [[CF Pachuca]]. Na koniec sezonu Fernández pomógł Colo-Colo w wygraniu fazy Clausura, a za swoją postawę został uhonorowany nagrodą dla Najlepszgo Piłkarza Ameryki Południowej roku 2006.
