Jednostka istnieje od 1951. Do 1992 nosiła nazwę Instytut Hematologii.
Obecnie Instytut posiada dwie siedziby: główną na [[Ursynów (Warszawa)|Ursynowie]] przy [[Ulica Indiry Gandhi w Warszawie|ul. Indiry Gandhi]] 14 (otwarta w 2006) oraz starą na [[Mokotów|Mokotowie]] przy [[ulica Chocimska w Warszawie|ul. Chocimskiej]] 5.