W październiku 1935 roku [[Günther Prien]] trafił do Kriegsmarine, a następnie do jej floty podwodnej, ze służby na niemieckich statkach handlowych, do jej floty podwodnej, z powodu [[Wielki kryzys|Wielkiego Kryzysu]] zajmując się w międzyczasie także pracami dorywczymi na lądzie. Po treningu na okrętach podwodnych typów ''[[Okręty podwodne typu IA|IA]]'', ''[[okręty podwodne typu IIA|IIA]]'' i ''[[okręty podwodne typu IIB|IIB]]'', dzięki przymiotom sprawnego oficera o mocno [[narodowy socjalizm|nazistowskich poglądach]], 1 stycznia 1937 roku awansował do stopnia ''Oberleutnant zur See'', a 17 grudnia 1938 roku objął dowództwo najnowszego okrętu podwodnego Kriegsmarine U-47<ref>Günther Prien: U-boat Training, [on line]</ref><ref name=Blair-Prien>Clay Blair: ''Hitler's U-Boat War''. T. 1, s. 78-80.</ref>.
