Jesienią 2005 ogłosił, że występuje z zakonu i rezygnuje z kapłaństwa. Przyczyny tej decyzji wyjaśnił w książce ''Przed Bogiem'', wywiadzie, który z Obirkiem przeprowadzili [[Andrzej Brzeziecki]] i [[Jarosław Makowski]]. Do tematu wrócił w książce ''Polak katolik?'' w której zdiagnozował również polski katolicyzm w kontekście swojej decyzji wstąpienia do zakonu w 1976 i wystąpienia z niego w roku 2005,. natomiastW książka2020 "Gomora"przyznał, Arturaże Nowakadodatkowym iczynnikiem Stanisławawpływającym Obirka,na mającajego premierędecyzję 15było wrześniamolestowanie 2021seksualne, r.jakiego opisujedopuścili nieznanesię wcześniejna skandale,nim tłumaczydwaj kulturowąkapłani odrębnośćw polskiegoczasie katolicyzmu.jego dzieciństwa<ref>{{Cytuj |autor = MajaMagda HebanMieśnik |tytuł = "PolskiProf. KościółStanisław jestObirek atrapą"po 30 latach odszedł z Kościoła. ByłyJako dziecko jezuitabył imolestowany adwokatprzez ofiardwóch księży o|data hipokryzji= biskupów,2020-02-26 |data dostępu = 2020-03-29 |opublikowany = wiadomosci.wp.pl |url = https://wwwwiadomosci.onetwp.pl/stylprof-zycia/noizz/polskistanislaw-kosciolobirek-jestpo-atrapa30-obireklatach-iodszedl-nowakz-okosciola-ksiazcejako-gomora/qpefe1d,3796b4dcdziecko-byl-molestowany-przez-dwoch-ksiezy-6482523164083841a}}</ref>.
. W 2020 przyznał, że dodatkowym czynnikiem wpływającym na jego decyzję było molestowanie seksualne, jakiego dopuścili się na nim dwaj kapłani w czasie jego dzieciństwa<ref>{{Cytuj |autor = Magda Mieśnik |tytuł = Prof. Stanisław Obirek po 30 latach odszedł z Kościoła. Jako dziecko był molestowany przez dwóch księży |data = 2020-02-26 |data dostępu = 2020-03-29 |opublikowany = wiadomosci.wp.pl |url = https://wiadomosci.wp.pl/prof-stanislaw-obirek-po-30-latach-odszedl-z-kosciola-jako-dziecko-byl-molestowany-przez-dwoch-ksiezy-6482523164083841a}}</ref>.
