Element ROSE

ROSE (z ang. repression of heat shock gene expression element) – region cząsteczki mRNA kodującego pewne białka szoku cieplnego, znajdujący się w 5' UTR. ROSE stanowi termometr RNA, który w sposób negatywny reguluje ekspresję genu związanego z szokiem cieplnym. Uważa się, że jego struktura drugorzędowa zmienia się w zależności od temperatury, jak w przypadku innych termometrów RNA. Wytwarza strukturę blokującą dostęp do sekwencji Shine-Dalgarno (miejsca przyłączającego rybosom) w zwykłych temperaturach. Jednakże podczas szoku cieplnego zmiana struktury uwalnia miejsce, do którego przyłącza się rybosom, co umożliwia ekspresję.

Przewidywana struktura drugorzędowa ROSE. Zaznaczono, jak bardzo konserwatywne są poszczególne nukleotydy tej sekwencji. Ramię po prawej nosi nazwę miniROSE, a jego fragment zakończony pętlą – mikroROSE; widoczne jest w nim „wybrzuszone G”

Trójwymiarowa rekonstrukcja motywu mikroROSE na podstawie NMR

Strukturę ROSE ustalono częściowo za pomocą spektroskopii NMR.

ROSE₁ i ROSE_AT2

Wymienia się 2 przykłady ROSE: ROSE₁ i ROSE_AT2. ROSE₁ występuje w Bradyrhizobium japonicum, podczas gdy ROSE_AT2 wykazuje bliskie pokrewieństwo w stosunku do fragmentu RNA z Agrobacterium tumefaciens. Obydwa elementy RNA łączy podobna struktura drugorzędowa, przy czym ROSE₁ cechuje się dodatkowym motywem spinki do włosów. Na 3'-końcu znajduje się ramię IV, tzw. miniROSE. Znajduje się w nim charakterystyczne tak zwane bulged G („wybrzuszone G”) naprzeciwko miejsca wiążącego sekwencji Shine-Dalgarno. Bez tego nukleotydu termometr RNA traci swą wrażliwość na zmiany temperatury.

IpbA

Ekspresja białka szoku cieplnego wśród gatunków bakterii z rodzaju Pseudomonas także podlega kontroli przez termometr RNA typu ROSE, jednak składający się tylko z dwóch motywów spinki do włosów. Hamuje on translację IpbA w niskich temperaturach, a umożliwia ją, gdy temperatura się zwiększy.

Zobacz też

• termometr FourU