Związek genotypu i procesów molekularnych z rozwojem organizmu ia fenotypem jest generalnie postulowany ale jest bardzo trudny do zrozumienia nawet dla organizmu tak (stosunkowo) prostego i intensywnie badanego jak [[Caenorhabditis elegans|C. elegans]]. Geny generalnie kodują białka i RNA. Postulat związku genotypu z trajektorią jaki organizm obiera w rozwoju i fenotypem prowadzi do dwóch [[paradoks]]ów:<ref>Itai Yanai, "Evolution of developmental gene expression programs", a recorded [[Technion]] lecture, delivered at Technion symposium "From Darwin to [[Ewolucyjna biologia rozwoju|Evo-Devo]]", Israel, Nov. 24, 2009. [http://www.youtube.com/watch?v=7mMdA4kSGWk (dostęp 2014-01-12, j.ang.)]</ref>
* ekstremalnie rożne organizmy mogą mieć bardzo podobne genotypy,
