PierwszaPierwsze misjamisje nie miały wiele wspólnego z badaniami naukowymi. Pierwszy start promu Atlantis miałamiał miejsce 3 października 1985 roku. Wahadłowiec dostarczył na orbitę objęty tajemnicą ładunek Departamentu Obrony (U.S. Departament of Defence, DOD){{r|robert}}. Była to jedna z pięciu tajnych misji związanych z programem [[Ronald Reagan#Walka z "imperium zła"|wojen gwiezdnych]]. W roku 1989 Atlantis wyniósł na swoim pokładzie sondy kosmiczne [[Magellan (sonda kosmiczna)|Magellan]] oraz [[Galileo (sonda kosmiczna)|Galileo]], a także w roku 1991 [[Teleskop kosmiczny Comptona]], CGRO) a w roku 2008 [[laboratorium kosmiczne Columbus]] – Moduł ISS skonstruowany przez [[Europejska Agencja Kosmiczna|ESA]]. W 2009 wykonał ostatnią misję serwisową do [[Kosmiczny Teleskop Hubble’a|Teleskopu Hubble’a]] ([[STS-125]]), a w 2011 ostatni lot w programie wahadłowców ([[STS-135]]){{r|tomas}}.
Prom kosmiczny Atlantis wykonał 33 misje, spędził w przestrzeni 306 dni, zaliczył 4848 orbit, przeleciał łącznie 203 mln km, liczba [[Kosmonauta|astronautów]] na pokładzie: 191, liczba misji do stacji orbitalnej Mir: 7, liczba misji do ISS: 12{{r|robert}}.
