Z pierwszego związku miał córkę Małgorzatę, aktorkę. Jego drugą żoną była również aktorka [[Zofia Sykulska-Szancerowa]]. Miał córkę Małgorzatę, również aktorkę<ref>{{Cytuj |autor = Janusz R. Kowalczyk |tytuł = Jan Marcin Szancer - Życie i twórczość |data = kwiecień 2019 |data dostępu = 2020-11-13 |opublikowany = Culture.pl |url = https://culture.pl/pl/tworca/jan-marcin-szancer |język = pl}}</ref>. PochowanyZe nazwiązku [[Cmentarzz WojskowyZofią naSzancerową Powązkach|Cmentarzupochodził Wojskowymsyn, narównież Powązkachrysownik wWarszawie]][[Jan (kwateraPiotr A33-2-11)Szancer]]<ref>[http{{Cytuj stronę | url = https://wwwplus.cmentarzekomunalne.comgloswielkopolski.pl/mapajan-marcin-szancer-niezwykly-album-legendarnego-ilustratora-wydany-w-poznaniu/mapa.php?cment=PWZKI&rzad=2&kwatera=A%2033&grob=11&dane=+imie=+nazwisko=Sykulska+check_nazwisko=+check_ur=+rok=1800+miesiac=1+dzien=1+rok2=2020+miesiac2=4+dzien2ar/c13-14599873 | tytuł =29+check_zg=+rok_zg1=1800+miesiac_zg1=1+dzien_zg1=1+rok_zg2=2020+miesiac_zg2=4+dzien_zg2=29+cmentarz=powazkowski#kotwicaWyszukiwarkaJan cmentarnaMarcin -Szancer: WarszawskieNiezwykły cmentarze<!album legendarnego ilustratora wydany w Poznaniu | data = 2019-11-25 Tytuł| wygenerowanydata przezdostępu bota= 2020-11->]13}}</ref>.
Pochowany na [[Cmentarz Wojskowy na Powązkach|Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie]] (kwatera A33-2-11)<ref>[http://www.cmentarzekomunalne.com.pl/mapa/mapa.php?cment=PWZKI&rzad=2&kwatera=A%2033&grob=11&dane=+imie=+nazwisko=Sykulska+check_nazwisko=+check_ur=+rok=1800+miesiac=1+dzien=1+rok2=2020+miesiac2=4+dzien2=29+check_zg=+rok_zg1=1800+miesiac_zg1=1+dzien_zg1=1+rok_zg2=2020+miesiac_zg2=4+dzien_zg2=29+cmentarz=powazkowski#kotwica Wyszukiwarka cmentarna - Warszawskie cmentarze]</ref>.
