15 stycznia uroczyste wodowanie okrętu, matką chrzestną okrętu została Jadwiga Sosnkowska. Podczas ceremonii wodowania okręt otrzymał nazwę „Orzeł”.
luty-czerwiec prace wyposażeniowe na okręcie, montaż urządzeń okrętowych, instalacja baterii akumulatorów i uzbrojenia. Dowódcą okrętu mianowany został kmdr. ppor. Henryk Kłoczkowski.
3 maja – 2 czerwca montaż silników napędu głównego.
12-15 sierpnia dalsze próby silników na okręcie w basenie portowym.
23 sierpnia pierwsze próby okrętu w delcie Skaldy, dowódcą okrętu na czas prób został kpt. van Dongen z marynarki holenderskiej. W drodze powrotnej w basenie stoczniowym „Orzeł” uderzył dziobem w ruchomy pomost.
30 września – 14 października dokowanie okrętu.
21 października – 1 listopada „Orzeł” przeszedł próby torpedowe w Den Helder.
14 listopada – 30 listopada próby okrętu na wodach norweskich w Oslofiordzie; między innymi pomiary szybkości na mili pomiarowej i próby zanurzenia na głębokość 80 m.
10 lutego uroczyste powitanie okrętu w Gdyni, przez przedstawicieli władz. Dokonano uroczystego odsłonięcia tablicy zamontowanej na kiosku okrętu informującej że okręt wybudowano ze składek Funduszu Obrony Morskiej.
marzec-lipiec szkolenia i ćwiczenia załogi w osiągnięciu zdolności bojowej okrętu, 1 czerwca zastępcą dowódcy został kpt. mar. J. Grudziński, a 17 lipca „Orzeł” został okrętem flagowym dowódcy dywizjonu.
24 sierpnia mobilizacja alarmowa dywizjonu okr. podw., dokonano przeglądu mechanizmów, zatankowano paliwo, pobrano prowiant. „Orzeł” posiadał 12 torped w wyrzutniach i osiem zapasowych, a także 125 pocisków do dział 105 mm i 1200 sztuk do działka 40 mm. Dowódca „Orła” otrzymał też 9000 $ w złocie oraz banknotach polskich.
1 września na skutek braku pełnej obsady załogi, której dowódca okrętu zezwolił na zejście na ląd, „Orzeł” opuścił port w Gdyni dopiero po godz. 07.00 i udał się w położeniu nawodnym w rejon swojego sektora, który znajdował się na Zatoce Gdańskiej. Odebranie dwóch radiogramów, pierwszy nakazywał przebywanie okrętom w zanurzeniu, a drugi nakazywał otworzenie koperty X i przystąpienie do akcji 'Worek'. Przybył tam dopiero o godz. 14.00. Płynąc na głębokości peryskopowej okręt został wykryty i zaatakowany bombami głębinowymi nieprzyjaciela.
2 września okręt nadal przebywał w swoim rejonie, około godz.19.50 podczas ładowania akumulatorów „Orzeł” zauważył w pobliżu Jastarni polskie motorówki i kutry rybackie. Po nawiązaniu kontaktu z motorówką „M-9” dowiedziano się o stratach jakie poniósł stawiacz min ORP Gryf (1936) i trałowce.
3 września po naładowaniu baterii okręt zanurzył się i przebywał pod wodą 16 godzin. Przez peryskop zauważono dwa niemieckie niszczyciele typu Leberecht Maass. O godz. 22.00 „Orzeł” spotkał się w położeniu nawodnym z drugim okrętem podwodnym ORP Wilk (1931).
4 września o godz. 03.50 okręt zanurzył się i dalej patrolował rejon Zatoki Gdańskiej. Około godz. 08.00 dowódca „Orła” zdecydował się na samowolne opuszczenie sektora i skierował się na północ w kierunku Gotlandii. W trakcie przejścia okręt był kilkakrotnie bombardowany przez niemieckie samoloty pomiędzy godziną 15:15 a 16:20.
5 września ponowne ataki samolotów Luftwaffe na „Orła”.
7 września „Orzeł” nawiązał łączność radiową z Sępem informując go, że idzie w kierunku północnym. W trakcie przejścia okręt wpłynął w pole minowe, które szczęśliwie przeszedł.
8 września pogorszenie się stanu zdrowia dowódcy okrętu.
10 września „Orzeł” nadał meldunek do dowódcy dywizjonu o chorobie kapitana, która uniemożliwia mu dowodzenie okrętem. W odpowiedzi dowództwo floty poleca wysadzić kapitana w neutralnym porcie i działać pod rozkazami jego zastępcy lub podejść na Hel celem zamiany dowódcy. Po naradzie, dowódca kmdr. ppor. H. Kłoczkowski zdecydował się zawinąć do Tallinna.
14 września około godz. 21.30 „Orzeł” wpływa na redę Tallinna koło półwyspu Paljassar.
15 września po zgodzie władz estońskich okręt wchodzi do portu. Po zacumowaniu kapitan wraz z ppor. mar. M. Mokrskim udają się z wizytą do dowódcy floty estońskiej, gdzie w obecności polskiego attaché ppłk S. Szczekowskiego wyjaśniono przyczyny wpłynięcia do portu. Władze estońskie zgodziły się na 24-godzinny pobyt polskiego okrętu, informując że wyjście może nastąpić w 24 godziny po opuszczeniu portu przez niemiecki statek „Thalatta”, który akurat znajdował się w Tallinnie. Po wizycie dowódca okrętu odwieziony został do szpitala. Na „Orła” przybył oficer estoński i poinformował zastępcę dowódcy, kpt. mar. Jana Grudzińskiego, o warunkach pozostania w porcie. Znaczna część załogi zeszła na ląd do łaźni, gdzie dokonano przeglądu medycznego. Do szpitala zabrany został również mat. M. Barwiński. Z okrętu zdemontowano sprężarkę i odesłano na ląd celem naprawy. Wkrótce potem obok „Orła” usadowiła się estońska kanonierka „Laine”. W godzinach popołudniowych na okręt ponownie przybył oficer estoński z oddziałem marynarzy i poinformował kpt. mar. J. Grudzińskiego, że okręt zostaje internowany. Dowódca w eskorcie oficera estońskiego udał się do polskiego poselstwa w Tallinnie. Nakazano zachować spokój, a także zniszczyć tajne dokumenty. Kpt. mar. J. Grudzińskiego zaczął pełnić obowiązki dowódcy „Orła” Po powrocie na okręt, z-ca d-cy por. mar. A. Piasecki zniszczył tajne dokumenty. „Orzeł” został przeholowany w głąb portu. Z okrętu zabrano mapy, dziennik nawigacyjny oraz broń ręczną. Zaplombowano radiostację.
16 września Estończycy zabrali z okrętu część torped i zamek do działa 105 mm oraz amunicję.
17 września dalsze rozbrajanie okrętu, głównie torped, których zabrano z okrętu czternaście sztuk z dwudziestu jakie okręt posiadał.
18 września o godz. 03.00 załoga okrętu obezwładnia dwóch marynarzy estońskich, przecina kable telefoniczne i elektryczne oraz cumy i „Orzeł” rozpoczyna manewr wyjścia z zaciemnionego portu. W czasie tych manewrów okręt wchodzi dziobem w ostrogę falochronu i zostaje czasowo unieruchomiony. Po oświetleniu okrętu Estończycy otwierają ogień z karabinów maszynowych i dział artylerii nadbrzeżnej. W tym czasie „Orzeł” uwalnia się z ostrogi i rusza ku wyjściu z portu. Podjęty pościg okrętów estońskich nie przynosi rezultatu, gdyż „Orzeł” po wyjściu zanurza się i kieruje się na Wyspy Alandzkie. Dowódca okrętu powiadamia Hel otwartym tekstem o ucieczce i braku szyfru i map.
19 września „Orzeł” odbiera komunikat radiowy z Londynu o swojej ucieczce i oskarżeniu załogi przez propagandę niemiecką o zamordowaniu dwóch estońskich wartowników. Na okręcie, nawigator ppor. Mokrski na podstawie starego spisu latarń sporządził dwie prowizoryczne mapy Bałtyku i Cieśnin Duńskich.
21 września okręt przybył w pobliże Gotlandii, gdzie na ląd wysadzono dwóch estońskich marynarzy.
30 września po 9 dniach patrolowania akwenu Gotlandii „Orzeł” kieruje się w rejon wyspy Öland.
1-6 października okręt przebywa w rejonie wyspy, podczas próby storpedowania niemieckiego statku „Orzeł” wchodzi na mieliznę. Podczas schodzenia z niej zostaje zaatakowany przez niemiecki wodnosamolot.
7 października dowódca kpt. mar. J. Grudziński podejmuje decyzję o sforsowaniu cieśnin duńskich i przejścia do Anglii. W nocy „Orzeł” dotarł w rejon Trelleborga, gdzie zanurzył się zauważywszy patrolujące cieśninę okręty szwedzkie i niemieckie.
8 października Po stwierdzeniu, że horyzont jest pusty „Orzeł” wynurzył się i naładował akumulatory. O świcie okręt zanurzył się i przeleżał na dnie do zmierzchu. Po wynurzeniu dowódca skierował okręt w kierunku przylądka Falsterbov. Następnie skierował się na środkową odnogę Sundu do kanału Drogden, tam ponownie napotkał patrolujące okręty szwedzkie i niemieckie. O godz. 22.20 „Orzeł” zbliżył się do wysepki Saltholm i po minięciu jej o godz. 22.43 znalazł się na trawersie Kopenhagi. O północy będąc na wysokości Landskrony okręt zanurzył się.
14 października o godz. 06.00 z okrętu nadano sygnał rozpoznawczy i przypuszczalną pozycję. Pięć godzin później w odległości 30 Mm od Isle of May „Orzeł” spotkał się z brytyjskim niszczycielem „Valorous”, który doprowadził go do portu w Rosyth.
16 października „Orzeł” przybył do Dundee, gdzie znajdował się w remoncie drugi polski okręt podwodny „Wilk”.
1 grudnia koniec remontu na okręcie i przejście do Rosyth, tam okręt wcielony został w skład Drugiej Flotylli Okrętów i otrzymał rozpoznawczy znak taktyczny 85-A. W skład załogi wszedł brytyjski oficer łącznikowy i dwóch podoficerów.
8 grudnia ujawnienie przez władze brytyjskie faktu przebywania w Wlk. Brytanii polskich okrętów podwodnych „Wilk” i „Orzeł”.
9 grudnia wyjście okrętu z bazy w eskorcie brytyjskiego konwoju.
10 grudnia przyznanie kpt. mar. J. Grudzińskiemu, dowódcy „Orła”, przez króla Jerzego VI odznaczenia Distinguished Service Order. Następnie do dnia 20 grudnia „Orzeł” eskortował dwa konwoje na wodach brytyjskich.
4 stycznia „Orzeł” wraz z innymi okrętami eskorty przeprowadził konwój z Bergen do Firth of Forth.
18 stycznia po przystosowaniu na okręcie wyrzutni torped do kalibru 533 mm „Orzeł” wyszedł na swój pierwszy 16-dniowy patrol w rejon Skagerraku.
luty „Orzeł” udał się w swój drugi patrol u wybrzeży Norwegii.
26 lutego wizyta w Rosyth króla Jerzego VI oraz spotkanie i rozmowa z kpt. mar. J. Grudzińskim.
marzec okręt odbył dwa patrole w rejonie wybrzeży Norwegii i Holandii.
3 kwietnia „Orzeł” wyszedł na swój piąty patrol w rejon wybrzeży Norwegii.
4-5 kwietnia okręt podążył na powierzchni w wyznaczony sektor.
6 kwietnia „Orzeł” zanurzył się w godzinach rannych i przebywał w zanurzeniu do wieczora. Po wynurzeniu kontynuował rejs do wyznaczonej pozycji.
7 kwietnia dotarcie w rejon sektora.
8 kwietnia około godz. 11.00 w rejonie Lillesand zauważono statek kierujący się ku wybrzeżom Norwegii, po zbliżeniu się odczytano nazwę statku Rio de Janerio i niewyraźnie zamalowany port macierzysty Hamburg, statek nie miał bandery. Po wynurzeniu nadano sygnał nakazujący zatrzymanie maszyn i przybycie kapitana z dokumentami, jednak niemiecki statek zwiększył prędkość kierując się ku brzegom norweskim. W tej sytuacji „Orzeł” ruszył w pogoń i oddał dwie serie ostrzegawcze z karabinu maszynowego. Statek zatrzymał się, nadając jednocześnie przez radio sygnały wzywające pomoc. Dowódca „Orła” nakazał opuścić statek w ciągu 5 minut, gdyż przystępuje do odpalenia torpedy. Sygnał ten niemiecki dowódca zignorował. W związku z czym odpalono torpedę, która o godz.12.05 trafiła w prawą burtę statku. Po ataku na pokładzie statku pojawili się żołnierze, którzy zaczęli opuszczać statek. Chwilę później od strony brzegu zauważono dwie małe jednostki i samoloty. „Orzeł” zanurzył się odpalając drugą torpedę. Była ona celna i trzy minuty po trafieniu o godz. 13.18 statek zatonął. Po ataku, kpt. Grudziński powiadomił admiralicję o ataku, następnie okręt oddalił się kontrolując dalej swój sektor. O godz.16.00 „Orzeł” wrócił w rejon zatopienia „Rio de Janeiro”. Po godz.22.00 „Orzeł” wynurzył się i rozpoczął ładowanie akumulatorów, a o godz. 23.00 załoga wysłuchała angielski komunikat radiowy informujący o zatopieniu „Rio de Janeiro” .
9 kwietnia okręt napotkał w swym sektorze trzy niemieckie trałowce.
10 kwietnia rano z okrętu ponownie zauważono niemieckie trałowce, na które zdecydowano się przeprowadzić atak torpedowy. Po wystrzeleniu torped, „Orzeł” został zaatakowany bombami głębinowymi z samolotu i musiał się zanurzyć. Wieczorem okręt wyszedł na głębokość peryskopową i wtedy zauważono tylko dwa trałowce.
11 kwietnia „Orzeł” zauważył konwój składający się z dużego statku ochranianego przez okręty wojenne. Zanim okręt przystąpił do ataku został zlokalizowany przez samolot nieprzyjaciela i obrzucony bombami. Tropienie okrętu trwało kilka godzin. Wieczorem „Orzeł” wynurzył się na głębokość peryskopową i wtedy stwierdzono, że prąd morski zniósł okręt do fiordu, gdzie też schronił się nieprzyjacielski statek. W nocy okręt wynurzył się i rozpoczął ładowanie akumulatorów.
12 kwietnia Po północy okręt został zauważony przez niemieckie okręty, które rozpoczęły kilkunastogodzinne poszukiwania, w czasie których zrzucono kilkadziesiąt bomb głębinowych. Uciekając przed nimi „Orzeł” zanurzył się na głębokość 91 metrów. Pod wieczór okręt wzniósł się na głębokość peryskopową i po stwierdzeniu braku nieprzyjacielskich okrętów wynurzył się.
13 kwietnia w południe okręt niespodziewanie zostaje zaskoczony przez nieprzyjacielski samolot, tak że na zanurzenie się jest za późno. „Orzeł” otworzył ogień z broni pokładowej. Samolot oddalił się i okręt mógł zanurzyć się. Wieczorem dostrzeżono trzy niemieckie ścigacze. W tym dniu okręt przebywał łącznie 20 godzin w zanurzeniu.
14 kwietnia okręt zostaje ponownie wykryty i obrzucany bombami głębinowymi. Podczas unikania bomb „Orzeł” zanurzył się na głębokość 96 m.
15 kwietnia ponowne ataki na okręt, w dniach 10-15 kwietnia okręty i samoloty niemieckie rzuciły łącznie 111 bomb głębinowych i lotniczych.
28 kwietnia – 11 maja kolejny patrol okrętu na Morze Północne.
12-22 maja postój okrętu w Rosyth, podczas którego zamontowano zamki do działa, nadesłane z fabryki Boforsa.
23 maja tuż przed północą okręt wyszedł z Rosyth na patrol w rejon na zachód od wylotu Skagerraku.
1 czerwca przekazanie z bazy drogą radiową na „Orła” sygnału nakazującego zajęcie sektora sąsiedniego. Załoga okrętu nie potwierdziła odbioru sygnału.
2 czerwca kolejne przekazanie z bazy drogą radiową na „Orła” sygnału nakazującego zajęcie sektora sąsiedniego. Załoga okrętu nie potwierdziła odbioru sygnału.
5 czerwca nadanie z bazy radiowego rozkazu o powrocie do bazy w dniu 8 czerwca, rozkaz ten nie został potwierdzony przez „Orła”.
8 czerwca ponieważ „Orzeł” nie powrócił z patrolu a na nadany radiowy sygnał podania aktualnej pozycji nie było odpowiedzi, został on oficjalnie uznany za zaginiony.
11 czerwca Kierownictwo Marynarki Wojennej RP wydało komunikat następującej treści: Z powodu braku jakichkolwiek wiadomości i nie powrócenia z patrolu w określonym terminie okręt podwodny Rzeczypospolitej Polskiej „Orzeł” uważać należy za stracony.