Zasada końca N
Zasada końca N – reguła chemiczna, zgodnie z którą charakter N-końcowych aminokwasów białka jest ważnym czynnikiem regulującym okres półtrwania (prawdopodobieństwo degradacji). Ma zastosowanie zarówno u organizmów eukariotycznych, jak i prokariotycznych, ale z różną siłą[1]. Jest to jedynie oszacowanie; modyfikacja aminokwasu na końcu N może to zmienić. Również wpływ określonego aminokwasu może zmieniać się w zależności od organizmu. Ponadto w sekwencji białka można znaleźć inne sygnały degradacji.
Zasada końca N została sformułowana przez amerykańskiego biochemika rosyjskiego pochodzenia, Aleksandra Warszawskiego w 1986 roku[2].
Przykłady
edytujPrzykładem zasady końca N może być okres półtrwania β-galaktozydaz[1].
Dla drożdży z gatunku Saccharomyces cerevisiae, w zależności od aminokwasu na końcu N wynosi on:
- Met, Gly, Ala, Ser, Thr, Val, Cys: >30 godzin (stabilizacja)
- Pro: >5 h (stabilizacja)
- Glu, Ile: ok. 30 min (stabilizacja)
- Gln, Tyr: ok. 10 min (destabilizacja)
- Asn, Asp, His, Leu, Lys, Phe, Trp: ok. 3 min (destabilizacja)
- Arg: ok. 2 min (destabilizacja)
Natomiast dla bakterii E. coli 6 aminokwasów: Arg, Leu, Lys, Phe, Trp i Tyr powoduje silną destabilizację (t1/2 = ok. 2 min), pozostałe – silną stabilizację (t1/2 = >10 h) tego białka[a].
Uwagi
edytujPrzypisy
edytuj- ↑ a b c Alexander Varshavsky, The N-end rule pathway of protein degradation, „Genes to Cells”, 2 (1), 1997, s. 13–28, DOI: 10.1046/j.1365-2443.1997.1020301.x, PMID: 9112437 (ang.).
- ↑ A. Bachmair, D. Finley, A. Varshavsky, In vivo half-life of a protein is a function of its amino-terminal residue, „Science”, 234 (4773), 1986, s. 179–186, DOI: 10.1126/science.3018930, PMID: 3018930 (ang.).